Su nombre, Jerusalén, quiere decir Divina Posesión de Paz.
Jerusalén nació en el corazón de Dios, y usó como instrumentos a siervos suyos como el pastor Humberto Acero Barreno y su esposa la Sra. Teresa Peñafiel de Acero, al Sr Michael Sánchez y su esposa Dra. Lucia Plúas de Sánchez, quienes tuvieron la visión de incursionar en la comunidad milagreña en el ámbito educativo.
Bajo el asesoramiento constante y desinteresado del Lcdo. Agapito Trujillo y la Dra. Ana Bélgica Espinoza de Ochoa, se realizaron los tramites requeridos para dar marcha a este anhelo de servir.
Un 7 de abril de 1999 se ordena, por parte de las autoridades educativas de aquel entonces, su funcionamiento; gracias al aporte dado por la Lcda. Mary Cruz Alvarado de Macías, De esta manera Jerusalén empezó su vida institucional con una provisional estructura física y poca población estudiantil.
Con el transcurrir del tiempo, fue creciendo en varios aspectos: estructura, incremento de estudiantes, recursos humanos, organización administrativa y un sitial de privilegio en la sociedad milagreña. En sus comienzos, solo se contaba con los primeros años básicos elementales; posteriormente se presentó la oportunidad de abrir los años básicos intermedios y superiores, pues empezó una mayor demanda de estudiantes y padres de familia quienes buscaban una alternativa educativa donde se incluyera el incentivo de valores cristianos, que marcó la diferencia en la vida de la comunidad educativa de aquel entonces.
Jerusalén ha incursionado activamente en el ámbito educativo con el fin de ofrecer una educación de calidad y calidez a las niñas, niños y adolescentes quienes son el presente y futuro de la patria; ha mejorado sus estándares pedagógicos basados en el paradigma constructivista con una marcada ideología humanista para hacer realidad su misión y visión.En la actualidad contamos con Educación Básica Elemental, Media y Superior, el Bachillerato General Unificado. Servimos a Dios, a la comunidad y al país; formando hombres y mujeres capaces de enfrentar los desafíos del mundo actual, mediante una formación integral, basándonos en proyecciones científicas y fundamentos cristianos y así contribuir al desarrollo integral y profesional desde una perspectiva cristiana enfocada hacia una formación en competencia y valores humanos.